El Colegio Juanita Fernández es fundado el año 2001 por el Padre Kepa Bilbao Laca y se enmarca dentro de su Proyecto Fundacional constituido por los Colegios, Rebeca Fernández (1987), Josefina Magasich Arze (1991) y Juanita Fernández (2001).
Está ubicado en la calle Los Pensamientos 820, Población Salvador Reyes, Bosques de Santa Julia, Viña del Mar.
Comienza con una matrícula superior a los 300 alumnos desde Párvulo a Octavo año básico. En un primer momento se contaba sólo con cuatro salas de clases y servicios higiénicos. Se arrendaron dos casas, donde se instalaron las oficinas administrativas y el Kínder con sus respectivos baños.
En un primer momento no se exigió requisitos de ingreso, ni se estableció cobro alguno a los padres y apoderados.
Durante todos estos años, los trabajos de construcción siempre han continuado, con diferentes metas, así para nuestro segundo periodo de funcionamiento, el propósito era dar comienzo a la Educación Media. Así fue posible que al iniciarse el año 2002, estaba listo el segundo piso, donde fue posible albergar a más alumnos. También en este año se incorpora el Colegio a la JEC, desde Séptimo Básico a Primero Medio.

Desde el primer momento se explicó a los padres y apoderados, que este Establecimiento Católico, entregaría educación y formación a sus pupilos, exigiendo desde un principio su participación y compromiso. Siempre se ha tenido presente que la tarea de educar es una responsabilidad compartida, entre la familia y el colegio.
En segundo lugar se inculcó la idea de que se educa para la vida, promoviendo en nuestros niños, su esfuerzo personal en pro de su futuro y mejor bienestar. Detrás de esta meta, está el concepto de “calidad” que orienta a esta institución, donde se entiende por como tal; el dar a cada niño(a) lo que este(a) necesita para su adecuado desarrollo tanto físico como psicológico, de manera que se convierta en una buena persona y un mejor profesional.
Durante los años siguientes, el establecimiento continuó su crecimiento en el número de cursos y matrícula. Asimismo, la infraestructura fue creciendo paulatinamente, pudiendo hoy en día contar con mayores instalaciones que contribuyen al proceso de formación de los alumnos.
Desde el año 2008 contamos con Programa de Integración Escolar (PIE), atendiendo a alumnos con Necesidades Educativas Especiales (NEE) permanentes y transitorias. En un inicio se atendió un grupo de 10 alumnos/as, lo cual aumentó drásticamente el año 2011 con la promulgación del Decreto N°170, el cual amplía el ámbito de NEE, así como los recursos disponibles para el funcionamiento del PIE. En la actualidad el PIE atiende a 80 niños, niñas y jóvenes desde 1° básico a IV° medio, contando con un equipo interdisciplinario numeroso y sólido en su funcionamiento.
Asimismo, el año 2008 el Colegio firma el Convenio de Igualdad de Oportunidades y Excelencia Educativa, por lo cual nos incorporamos al funcionamiento según la Ley de Subvención Escolar Preferencial (SEP), elaborando un Plan de Mejoramiento Educativo (PME) año a año. Este trabajo implica un compromiso de mejoramiento de la calidad educativa y en los distintos ámbitos de la gestión: área pedagógica, liderazgo, convivencia escolar y recursos. A partir de ello, se desarrollan múltiples acciones asociadas al mejoramiento continuo, lo que implica la incorporación de recursos económicos que permiten acceder a un mejor equipamiento pedagógico, instancias de perfeccionamiento docente, incorporación de otros profesionales, adquisición de material didáctico y recursos tecnológicos, etc.
En relación a la incorporación a la Ley SEP y en la constante necesidad de brindar apoyo integral a nuestros alumnos/as, el año 2011 se constituye el Equipo Psicosocial (EPS), permitiendo formalizar y acrecentar el apoyo que se daba a niños, niñas y jóvenes con dificultades sociales, emocionales y conductuales. Junto con ello, se establecen líneas de intervención, asumiendo el desafío en el área de promoción y prevención de la convivencia escolar, sexualidad y vida saludable.